金庸群侠传作为经典武侠角色扮演游戏，门派系统是其核心玩法之一。游戏初始可选择少林、武当、华山气宗、华山混元宗、天山灵鹫宫、峨嵋派、日月神教等门派，丐帮、桃花岛、星宿、华山剑宗、慕容世家则需选择散人身份后完成特定任务才能加入。各门派有明确的入门限制，如少林只收男性，灵鹫宫、峨嵋派、桃花岛仅限女性，慕容世家要求姓氏为慕容且悟性7桃花岛还需容貌7以上。散人路线虽自由但需寻找高阶武学如周公剑、神照经等才能成为隐者，叛门者将无法加入其他门派。
武当派特色在于独特的气盾能力，能以内力减轻伤害，但顶级内功需保持处子之身。少林派以强悍的防御和回复能力著称，俗家弟子身份减少了戒律约束。华山气宗剧情初期较为艰难，但独孤九剑的无视防御特性使其后期强势。天山灵鹫宫招式带有特殊效果，峨嵋派则擅长回复和怒气积累。日月神教作为反派门派，拥有残酷的门派技能和考核内容，高级武学有两种发展路线。
古墓派被许多玩家视为最强门派，其剑法属性可达上限121，通过特定操作还能卡出玄铁剑法。门派武学玉女心经18级解锁清心效果，天赋左右互搏使属性点达到515的顶峰。全真教路线适合追求拳法极致的玩家，121拳法配合属性成长优势明显，终极武学17级九阴真经威力巨大。大轮寺则以属性成长第一著称，密宗大手印20级加100防御，龙象20级实现100%防爆。
门派任务方面，武当派在出师前需完成两个侠义任务，战胜四个小混混可获得三清袍，更难的二星任务奖励玄虚刀法。古墓派需完成三次门派任务，分别获得弹指神通入门、玉女素心剑口诀和九阴真经遗篇。散人路线需注重任务顺序，如完成马王洞任务后雇佣农工提高效率，野三坡刷侠义值收胡斐，再通过特定操作收白芷若。道德值管理至关重要，影响队友招募和最终战对手。
战斗策略上，不同门派需采用相异打法。高防御门派如少林适合正面交锋，高敏捷门派如古墓可利用多重攻击优势。组队时需考虑队友特性，如胡斐的高伤害可作为主力输出，自身则专注辅助。武功修炼顺序也需规划，优先提升核心技能等级，再逐步完善技能体系。资源管理方面，初期应集中提升关键属性，中期平衡发展，后期追求极致数值。
游戏进程中需注意时间节点，如古墓派在每年三月一日出师，特定剧情必须在限定月份内完成。隐藏要素探索能获得重要资源，如大理下棋提升悟性，野三坡秘境触发特殊事件。道德值与恶名的平衡影响剧情分支，高道德可招募郭靖等正派角色，低道德路线则需承受相应后果。多周目玩法下，高周目奖励更丰厚但难度显著提升，需提前规划成长路线。
