后期双红将阵容虽然输出和控制能力较强，但存在明显的短板。这类阵容对资源分配要求极高，培养两名红将需要消耗大量进阶丹、装备和宝物碎片，容易导致其他武将发育不良。尤其在推图和竞技场中，若核心红将阵亡，剩余武将可能因战力不足而快速崩盘。双红将阵容往往依赖特定武将的合击技能，一旦被敌方控制或减怒打断，整体输出节奏会严重受阻。
双红将阵容的另一个弱点是灵活性较差。由于核心输出和控制集中在两名红将身上，面对不同敌人时调整空间有限。蜀国双红将依赖关羽和诸葛亮的爆发，但若敌方后排有高闪避或减伤武将，输出效果会大打折扣。魏国双红将曹操和荀彧的组合虽能提供稳定控制，但缺乏爆发力，遇到高回复阵容时容易陷入持久战。这类阵容的固定性使得应对复杂战局时显得吃力。
生存能力不足也是双红将阵容的常见问题。为了追求高输出或强控制，这类阵容通常会牺牲防御或治疗位。比如群雄双红将吕布和左慈的组合，虽然爆发惊人，但自身脆皮特性明显，若没有华佗的治疗支持，很容易被敌方集火秒杀。吴国双红将周瑜和小乔同样面临这个问题，灼烧效果虽强，但缺乏硬控和护盾保护，一旦被先手压制便难以翻盘。
双红将阵容对站位和出手顺序极为敏感。由于核心技能需要特定条件触发，若被敌方打乱阵型或减速，整体战术可能失效。诸葛亮若无法先手释放控制，蜀国双红将的连招链会直接断裂。魏国双红将若被敌方减怒或沉默，荀彧的增益效果无法及时生效，队伍整体强度会大幅下降。这种依赖性使得双红将阵容在高端对局中容错率较低。
合理搭配援军和光环武将，适当补充防御或治疗位，才能最大限度发挥其潜力。
