迷失岛2作为一款非线性剧情解谜游戏，机关门是推进游戏进程的关键元素。根据实际游戏流程，主要存在五道需要解谜的机关门，分布在灯塔、工厂、神庙等核心场景。这些机关门的设计与游戏的时间穿梭主题紧密关联，解谜方式包括密码输入、图案排列、物品组合等多种形式。
第一道机关门位于玩家初始房屋的二楼通道，需要通过移动石块完成图案拼接才能开启。该机关作为新手引导，难度较低但引入了游戏的基础解谜逻辑。第二道机关门在灯塔入口，需要输入北南西东东北的方位密码，这个密码通过与码头管理员对话获得。灯塔内部还设有第三道机关门，需要完成类似魔方的三维拼图才能点亮灯塔。
工厂区域包含第四道机关门，需要根据外星人给出的光电线索输入特定密码。这里的解谜难度明显提升，需要玩家综合之前收集的多个线索。第五道机关门出现在神庙密室，需要放置六块三角形石块并按特定图案排列，这是游戏后期最复杂的机关之一。每道机关门的解谜都与其他场景的道具和线索存在逻辑关联。
这些机关门的解谜过程体现了游戏的核心玩法特色。玩家需要仔细观察环境细节，合理运用收集到的物品，并将分散在多时空的线索进行串联。部分机关门如工厂区域的密码输入存在随机性，但解题思路保持一致。游戏通过机关门的设置，巧妙地将场景探索、物品收集与剧情推进融为一体。
比如灯塔机关门与码头剧情关联，工厂机关门与外星人线索呼应，这种设计增强了游戏世界的整体性。玩家在解谜时需要建立全局思维，将不同时空获得的线索进行交叉验证，这也是迷失岛2作为优质解谜游戏的重要特质。
