有效的技能搭配是提升战斗力的核心要素。首先需要明确属性克制关系：水克火、火克普通、普通克超能、超能克毒、毒克草、草克水。这种循环克制决定了技能选择必须兼顾打击面和防御短板。每只精灵的技能分为天赋技能、主动技能、被动技能和觉醒技能四类，其中主动技能可通过技能学习器调整，但需消耗银币或钻石刷新技能库，优先选择高星级技能如五星或四星技能。属性克制的存在要求队伍必须多样化，避免单一属性被针对性压制。
秘传技能如居合斩需完成特定剧情——在蔚蓝市获得船票后，登船击败顶层对手并帮助船长恢复才能取得。推石必备的劲力术则需在紫苑镇宝可梦商店免费领取或在绿萌镇洞穴协助NPC后获得道具。特殊技能如高压水炮、硬化植物等需在七岛对应地点学习，而闪电、精神干扰等强力技能可通过招式机学习。时间球在捕捉神兽时比高级球更有效，战斗回合超过30回合后捕捉率显著提升。
精灵培养方向决定技能组合的侧重点。暴鲤龙作为物攻推图手，推荐龙之舞强化后接咬碎或水流尾，特性选择威吓降低对手物攻，携带锐利之爪提升接触技能威力。火精灵则依赖特攻技能如喷射火焰、大字爆，搭配电光一闪补盲。乘龙因其高特防和冰水双属性，必带精神干扰反制超能系，同时配备冷冻光束和冲浪形成双本系输出。超梦作为超能系天花板，精神干扰与影子球组合能覆盖多数战斗场景。
喷火龙、水箭龟、妙蛙花作为御三家，前期可贯穿主线，但后期需针对性补强。必练精灵包括风速狗（火系物攻手）、闪电鸟（电系特攻核心）、卡比兽（高HP消耗型），搭配乘龙或宝石海星处理四天王战。针对不同道馆，需提前准备克制技能：岩石系道馆用水系或草系技能，电系道馆必备地面系技能如地震。鬼系天王战中，恶系技能啃咬与超能系精神干扰形成双重压制。
