成员之间的关系错综复杂，既有深厚的羁绊，也有微妙的合作关系。了解这些关系对于游戏中的角色搭配和剧情推进至关重要。
弥彦、长门和小南是晓组织的创始三人组，他们的关系建立在共同的理想和童年经历上。弥彦作为最初的领袖，深受长门和小南的信任与追随。长门在弥彦死后黑化，但小南始终陪伴左右，甚至为保护长门的计划牺牲自己。三人的羁绊贯穿晓组织从建立到蜕变的全程，是理解组织内核的关键。
宇智波鼬与干柿鬼鲛的搭档关系在晓组织中显得尤为特殊。鬼鲛对鼬的实力和人格充满敬重，甚至主动请求切磋，而鼬虽表面冷淡，却通过幻术暗中引导鬼鲛的行动。这种默契在游戏中可体现为联合技能的触发条件，例如鬼鲛的鲛肌融合与鼬的月读可形成组合技。
赤砂之蝎与迪达拉的艺术理念差异并未妨碍他们的合作。蝎追求永恒之美，迪达拉崇尚瞬间爆炸，但两人在任务中互补性极强。游戏中还原了他们的争执与协作，例如迪达拉的C4迦楼罗与蝎的百机操演可联动清场。
角都和飞段的不死组合以实用性著称。角都的财务头脑与飞段的邪教狂热形成反差，但两人在战斗中配合无间。飞段的诅咒仪式需角都的地怨虞提供续航，这种依赖关系在游戏中表现为连携技的高伤害加成。
带土（阿飞）与绝的幕后合作是晓组织暗线的核心。带土以宇智波斑身份操控长门，绝则负责情报收集与白绝大军调度。游戏中可通过隐藏剧情解锁两人的阴谋对话，揭示月之眼计划的细节。
这些关系的紧密程度直接影响游戏中的阵营任务和结局分支。玩家需通过对话选项与任务选择培养特定角色的好感度，从而解锁隐藏剧情或特殊技能。例如提升小南好感度可触发纸天使支线，而鬼鲛的鲛肌契约需在鼬存活状态下完成。
理解晓组织内部的人际网络，能帮助玩家更高效地组建队伍并挖掘剧情深度。建议在游戏前期重点关注弥彦三人组的回忆片段，中期解锁鼬与鬼鲛的羁绊任务，后期探索带土与绝的阴谋线以获得完整叙事体验。
